Vi seguo da molto tempo ma data la mia attuale situazione lavorativa ho ritenuto opportuno iscrivermi per confrontarmi con voi...
Sono un agronomo appassionato di giardini e da quest'anno ho deciso di aprire partita IVA per avviare un'attività di manutenzione del verde; per non vanificare i miei studi ho ritenuto opportuno iscrivermi all'albo e alla cassa previdenza EPAP con conseguente apertura della posizione contributiva.
I miei problemi sorgono quando qualche settimana fa, in seguito all'acquisto di un piccolo autocarro per il trasporto, mi reco negli uffici "settore ambiente" della mia città per richiedere l'autorizzazione al conferimento dei residui di potatura, sfalci, etc presso un centro di raccolta comunale e mi chiedono:
- targa veicolo........................................................ok
- documento proprietario.........................................ok
- certificato attribuzione partita IVA...........................ok
- certificato iscrizione Camera di commercio...............!!!!
Da quest'ultimo punto nasce un nutrito confronto tra me e il funzionario al quale cercavo di far capire che essendo un libero professionista non avevo nessun obbligo all'iscrizione presso CCIAA anche perché se lo facessi mi scatterebbe una seconda posizione contributiva in "gestione separata" con tutte le conseguente economiche del caso...
Analizzando la situazione con il mio consulente abbiamo anche rilevato che fra le attività professionali che un agronomo può svolgere, oltre alla consulenza, progettazione, studio, direzione lavori, etc...vi è:

lavori e incarichi riguardanti la coltivazione delle piante, la difesa fitoiatrica, l'alimentazione
e l'allevamento degli animali, nonché la conservazione, il commercio, la utilizzazione e
trasformazione dei relativi prodotti

Fonte:
ESTRATTO DELLA NORMATIVA RELATIVA ALLE COMPETENZE PROFESSIONALI
DEL DOTTORE AGRONOMO E DOTTORE FORESTALE
(Legge 7 gennaio 1976, n. 3 integrata con Legge 10 febbraio 1992, n. 152 DPR 328 del 5 giugno 2001)
- Titolo I - DISPOSIZIONI GENERALI
- Art. 2 - Attività professionale
- lettera i

Per evitare di annoiarvi vado al dunque e vi chiedo:
visto che nelle mie fatture risulterà spesso: potatura siepe..., realizzazione impianto d'irrigazione..., abbattimento alberi di..., etc...è illegale svolgere la professione di agronomo giardiniere? o devo chiudere tutto e riprendere da capo come una figura generica di azienda di giardinaggio vanificando quindi un percorso universitario lungo 5 anni e 52 esami???
Spero tanto che qualcuno di voi mi aiuti a risolvere questo assurdo dilemma all'italiana...

...mi scuso inoltre se ho postato nella sezione sbagliata ma fra tutte penso e spero sia quella più appropriata

Forse non è proprio la sezione corretta questa, ma dato la natura della tua domanda non saprei dove potrebbe essere inserita.
Ad ogni modo, io credo sia la seconda che dici, per questo ti chiedono l'iscrizione alla camera di commercio, perchè dovresti figurare come impresa di servizi (manutenzione giardini). Quello che fai ora non è proprio competenza del dottore agronomo.
L'art. 2 della legge che citi, intende gli incarichi inerenti la coltivazione delle piante, ovvero le consulenze atte a valorizzare e gestire i processi produttivi nella coltivazione delle piante, dunque ad esempio consulenze per rotazioni colturali, concimazioni, tipo di lavorazioni da adottare, difesa fitoiatrica ecc. ecc.
Potresti eventualmente affiancare un ulteriore codice per azienda di servizi alla tua partita iva, oltre al codice per la professione di dottore agronomo (che mi pare di capire non eserciti).
Ad ogni modo, ti consiglio di parlarne con il tuo commercialista (come già stai facendo) e con il tuo ordine di appartenenza, sicuramente troverete una soluzione.

Visto che esercito pure la libera professione la tua opzione mi sembrerebbe la più adatta ma vorrei capire che conseguenze ha abbinare due codici attività alla stessa partita iva...

Qualcuno ne è a conoscenza?

La mia commercialista mi insegna che la partita iva è unica e personale, come il codice fiscale.
Pertanto puoi avere un'unica partita iva con più codici attività ma non il contrario.
Emetterai fatture separate con un codice per distinguerle, per esempio fattura n. A01/2015 (per agronomo) e fattura n. B01/2015 (per giardiniere), il tuo commercialista ti saprà dire meglio come muoverti.
Solo che associando un'attività differente da quella di agronomo (giardiniere, impresa di giardinaggio, servizio di giardinaggio o non so cos'altro), dovrai aprire una ulteriore posizione contributiva, perchè non rientrante tra categorie professionali previste dall'EPAP (Attuari, Chimici, Dottori Agronomi e Dottori Forestali, Geologi).