le bollicine sono radici, se il fusto toccasse terra uscirebbero! in natura le piante di pomodoro si espandono a terra. sembra come marciume apicale ma di solito parte dal sotto del pomodoro, del resto le piante sembrano godere di salute.
non so dirti se sia una virosi o un eccesso idrico, togli tutti quelli marci e diminuisci l'acqua, se trovo cosa sia ti faccio sapere,. ho trovato soltanto questa foto.