Nella diagnosi di campo quando non siano visibili manifesti sintomi fogliari e la pianta mostri invece segni di grave sofferenza, si tira via una pianta malata per controllare se vi sia marciume/deterioramento a livello radicale o imbrunimenti nella zona pedale.
L'apparato radicale mi pare sviluppato, però dalle foto non si può apprezzare consistenza e particolari. Prova ancora a operare delle sezioni a livello delle radici più grandi e nella regione del colletto/inizio fusto e guarda se ci sono imbrunimenti interni.
Ti metto un paio di link di frequenti malattie telluriche del pomodoro e prova a confrontare.
Le radici non mi parevano molli anche se leggermente scure, altre foto allegate.
In ogni caso mi pare un problema presente solo in alcune piante, andrò probabilmente a sostituire quelle problematiche con le femminelle delle altre...