Di analisi fitopatologiche sono piuttosto pratico avendo frequenza nel Laboratorio del Servizio Fitosanitario della mia Regione, dunque so piuttosto bene quali sono le tecniche diagnostiche in rapporto alle diverse situazioni patologiche: la mia era una domanda di merito supponendo tu avessi una ipotesi in mente, ma mi pare che non sia così.

Se batteriosi potrebbe essere o Xanthomonas campestris pv. vesicatoria oppure
Pseudomonas viridiflava. Se maculatura, rame, però io non sono esperto perché non uso mai nulla di nulla

Pseudomonas viridiflava è un battere che ha come pianta ospite l'actinidia, mentre quello del pomodoro dello stesso gruppo si chiama Pseudomonas syringae pv. tomato e causa la c.d. “macchiettatura batterica" (vd. foto).
Xanthomonas campestris pv. vesicatoria su pomodoro si manifesta con sintomi fogliari non tanto dissimili dal precedente.
In linea di massima le maculature batteriche (su foglia) hanno una forma irregolare e presentano un centro necrotico circondato da alone giallo e sono diffuse un po' su tutta la pagina fogliare; nelle foto postate dall'Autore del post mi pare un po' forzato attribuire quei pochi sintomi a una batteriosi.
La diagnosi corretta delle batteriosi prevede isolamento su appositi terreni di coltura, e in base al colore e forma delle colonie si arriva all'identificazione (metto foto di un campione portato al SFR della mia Regione); a volte si usano terreni semi-selettivi e successivo trasferimento su altro terreno più specifico, e nei casi di dubbi si definisce con diagnostica molecolare in PCR.

Una rettifica perché mi sono accorto solamente dopo che si parlava di peperone e non di pomodoro, ma sostanzialmente il discorso non cambia: P. syringae attacca anche il peperone, solo che all'interno della specie batterica esistono varietà patologiche (sigla pv., per il peperone pv. syringae) generalmente specializzate su definiti ospiti. Il nome di specie deriva dal fatto che fu isolato per la prima volta da una pianta di lillà (botanica: Syringa vulgaris).

Entrambi hanno come piante ospiti anche il peperone, sembra.