Le risposte che hai già ricevuto sono ampliamente descrittive ed esatte per cui le cause sono molteplici e additare il marciume ad un singolo motivo è complesso e difficile.
Di certo parti svantaggiato con le piante nei vasi.
Per comprendere al meglio come eliminare questa malattia ti occorrerà del tempo per capire dove si è sbagliato e quali siano le cause.
Cosa migliore che io consiglierei a chi si propone di fare dei piccoli orti di documentarsi con i numerosi siti in cui si affrontano argomenti riferiti alle malattie degli ortaggi e come rimediare al caso personale.
Farei una lista delle criticità ritenute le più propabili e nel tempo utilizzare le specie (vedi pomodoro) più idonee all'ambiente in cui si allestisce il proprio orto.
Per concludere.... molti altri consigli e giudizi ti verranno dati per il tuo caso, ma resta di sicuro che con il tempo sbagliando si impara.