Il fitopatologo di cui ti ho detto mi risposto e anche lui, in base alle prime foto, propende per l'ipotesi di cui ho parlato. Le foto aggiuntive non mi dicono nulla di dirimente.
Il batterio che provoca la 'gamba nera' si chiama Pectobacterium carotovorum (se credi puoi documentarti meglio in rete), e la determinazione si fa tramite isolamento su terreno di coltura (a volte non basta perché ci sono specie affini come Dickeya): su foto è possibile solo congetturare (purtroppo sei troppo lontano per poter venire a prelevare campioni da portare in laboratorio).
Non riesco tuttavia ad immaginare altre cause: mi sembra infatti improbabile che quei marciumi interni siano dovuti a microrganismi saprofitari entrati a seguito di lesioni prodotte ad es. da elateridi o altro, tanto più quando in campo hai osservato disseccamenti diffusi di piante, perciò devo ritenere che il tutto sia conseguente a una malattia vera e propria.