Le cetonie finché sono larve sono innocue in quanto si nutrono di detriti (nel compost hanno praticamente la stessa funzione dei lombrichi); da adulte invece danneggiano i fiori.
Sei hai tolto il marciume senza intervenire con attrezzi da taglio, tipo sgorbie o malimpeggi, intaccando il legno, sicuramente non hai fatto danni ma semplicemente pulizia di mondezze che quanto meno non sono belle a vedersi.
Quanto all'effettiva utilità della slupatura propriamente detta (il termine deriva da 'lupa', in senso traslato di famelicità, come sinonimo di 'carie' che si mangia il legno) i pareri sono discordi; ti metto un link
https://www.youtube.com/watch?v=ABtB1D5z7Fw