Credo che la temperatura di pastorizzazione influisca poco.

Piuttosto tu dici che lasci tutto a 40 gradi. Ecco sarebbe meglio 45 od un po' di piú (se non sbaglio le yogurtiere lavorano a 48 costanti).
I fermenti che usi sono dei termofili, ovvero lavorano bene a partire dai 38 - 40 gradi. Ma se aumenti ancora la temperatura fino al limite dei 50 quelli sono ancora piú efficienti e il tuo yogurt acidificherá piú in fretta.