Continuo con le mie domande mano a mano che la realizzazione procede:
adesso è passato un mese e il sidro si stà pulendo da solo, cioè la parte solida che non era stata tolta con la fase di filtraggio stà lentamente accumulandosi sul fondo. Come posso fare a dividere la parte liquida bella limpida dai fondi?

Se è frizzante, puoi adottare la tecnica spumantistica "champenoise": remuage + sboccatura (degorgement)

Il deposito contiene tra l' altro lievito pieno di vitamine freschissime. Perche' lo vuoi buttare?
Maddmax

"l' altro" contiene macromolecole proteiche e pectiche e quasi certamente microrganismi, che in ambiente ormai povero di ossigeno ne opereranno processi putrefattivi.

Non il "fondo" delle bottiglie che sono state riempite dopo che la morchia primaria e' sedimentata. Inoltre nessun microorganismo patogeno cresce nelle bevande alcooliche fermentate. Che siano batteri lattici o lievito: e' tutta salute. Certo! non vinci nessun premio a nessun concorso con un sidro torbido. Ma questo e' un altro problema.
Maddmax

Non ho parlato di patogeni, ma mi riferisco a putrefazioni in ambiente ridotto, con risultante odore/sapore di feccia/uova marce

CIao Trentino. Quando la morchia primaria e' sedimantata ed il trasferimento in bottiglia viene eseguito correttamente, il piccolo fondo (1-2 mm) che si forma e' costituito in larga parte dai microorganismi che hanno eseguito la fermentazione secondaria (in questo caso lieviti e batteri lattici) e non va in putrefazione in nessun modo. Se non mi credi, basta fare la prova. Se non hai voglia di fare la prova compera una bottiglia di birra di frumento rifermentata in bottiglia (come la Chimay per esempio) e guardaci dentro.
L' odore di uova marce deriva da fermentati che erano gia' andati a male PRIMA di imbottigliare. Molti smanettoni imbottigliano comunque sull' assunto che "deve maturare" perche' non sanno distinguere tra un mosto giovane ed un mosto andato a male.
Maddmax

Morale non so ancora come filtrare...
Un'altra cosa: alle bottiglie avevo aggiunto un pò di zucchero per rendere frizzante il sidro. Se adesso le apro per ri-filtrare avrò perdita di aroma o di frizzante? Chiedo questo perchè penso al vino: se lo stappo e lo travaso prende aria e perde un pò di qualità.

Ovviamente, per intanto lo preparerai sedimentato alla bocca il col remuage (passerà sicuramente qualche settimana...).
Alle fine (sarà quindi pronto anche dal punto di vista fermentativo di presa di spuma), farai il degorgement di pulizia del sedimento.
Buon lavoro ... con auguri di buon successo!

Ecco perche' ti suggerivo di accettare la torbidita' in cambio di non introdurre aria. Non ci sono balle: piu' decanti, piu' limpido e' il sidro (o l' idromele o quello che ti pare) ma piu' ossigeno introduci.
Non c'e' una sola risposta esatta: dipende dai tuoi gusti. A me il fermentato melmoso e tribale piace. A qualcuno fa schifo. A qualcuno piace nel mezzo ... Se devi competere, lo devi fare come lo vogliono i giudici ma, se lo fai per te stesso, te lo fai come ti pare.
Vacci piano con lo zucchero perche' le mele contengono dei composti che ritardano la fermentazione: sa aggiungi zucchero allo zucchero ancora presente, rischi che ti esplodano le bottiglie.
Maddmax