E' importante sapere se le macchie si sono manifestate con i frutti ancora sull'albero oppure dopo la raccolta. Occorre poi vedere una foto con la mela sbucciata a livello delle macchie per capire se la polpa è intatta oppure alterata.
Nel primo caso, se effettivamente si tratta di chiazzature di color biancastro (a me in realtà sembrano maculature di contorno abbastanza circoscritto, ma sul colore mi affido a quel che dici in quanto diversamente avrei ipotizzato un nerume dal alternariosi o cladosporiosi) ti rimando per un confronto - se non altro a titolo di diagnosi per esclusione - al seguente link
http://www.regione.piemonte.it/agri/com ... e_mele.pdf" target="_blank" target="_blank" target="_blank
Nel secondo caso si tratterebbe di alterazione da conservazione (parassitario o fisiologica).
In relazione alle risposte potremmo considerare altro.