Ho due alberi di limoni di 15 anni e l'altro di 8 anni circa, questi limoni non vivono sulla stessa località:quello più vecchio si trova a 700 slm, e l'altro a 300 slm.
Posso dire che; il più giovane è stato innestato dalla pianta più vecchia quindi della stessa specie, la differenza è che quella più vecchio ( 700 slm ) mi fa i limoni con buccia molto spessa, tipo cedro, mentre il più giovane ( 300 slm ) fa i limoni con buccia normale.

Cosa potrebbe essere questa differenza?

potrebbe dipendere dal clima e dalle annaffiature oppure dal portainnesto.