Difficile dire con sicurezza. Se fossero chioccioline dovrebbero potersi osservare, oltre che le medesime, anche rosicchiature sulle foglie: qui c'è un link con foto
https://www.agric.wa.gov.au/citrus/mana ... s-orchards" target="_blank" target="_blank
Escluderei patogeni batterici o fungini a motivo delle macchie che almeno inizialmente sono chiare, dunque di alternativo ci sono le alterazioni di origine abiotica (tipo: oleocellosi, petecchia non parassitaria, dermatosi in genere) dipendenti da fattori climatici e/o disordini fisiologici.
I moscerini non credo siano responsabili, più probabilmente approfittano per suggere, ovviamente contribuendo ad aumentare la lesione: mi sembrano drosofile, guarda se hanno gli occhi rossi, in tal caso la specie potrebbe essere
Drosophila suzuki, che è un moscerino di relativamente recente introduzione e rivelatosi dannoso su parecchie colture a frutto.