mi pare che l'unico di origine italiana sia la pombia in Sardegna.

Ci sono dipinti dell'antica roma con dei cedri se non ricordo male gia all'epoca si conoscevano. Se intendiamo nativi nessuno perche in italia non esistevano un po come il pomodoro, se parliamo di varietà native dopo l'introduzione degli agrumi allora la cosa cambia si possono definire native un bel po di varietà: La pompia endemica della sardegna che potrebbe essere un incrocio tra cedro e arancio amaro o addirittura uno sport o mutazione genetica, il limone interdonato, limone cedrato di trabia, ecc. In foto uno sport variegatura arance rosse.

Ma io non ho capito una cosa, ma una varietà di agrume, per essere tale deve avere sia il porta innesto di tale varietà, sia i rami innestati? O quello che da il nome alla pianta sono solo i rami innestati?

la pianta può essere da innesto, in questo caso il nome proviene dall'innesto, la parte sotto il portainnesto può essere di altre varietà di agrume.
per talea, un ramo della pianta viene fatto radicare ed è identica alla pianta madre, stessa cosa per la margotta.

Capito, quindi quel che conta è la varietà usata per l'innesto, grazie mille.